Wanja Aloe est né et a grandi à Bâle. Après sa maturité, il a étudié la guitare à la Swiss Jazz School de Berne pendant deux ans. Puis il a commencé des études de théorie et composition à la Musik Akademie à Bâle chez Roland Moser, Detlev Müller-Siemens, Balz Trümpy et Dorothée Schubarth, où il a obtenu un diplôme d'enseignement en 2001. Une bourse de la Fondation Landis & Gyr à Londres lui a permis de suivre plusieurs séminaires de composition à la Royal Academy of Music dans la classe de Philip Cashian.
En 2002, il a reçu la bourse annuelle de la Fondation Christoph Delz de Bâle pour la composition d'une œuvre orchestrale. Il a suivi différents cours durant sa formation, entre autres auprès de György Kurtág, Vinko Globokar, Walter Fähndrich et Peter Maxwell Davis. Il est doyen des classes de Théorie musicale et d'Improvisation à la Haute École des Arts de Berne depuis 2006.