Formé en Colombie, aux Etats-Unis et en France, Juan Pablo Carreño fait ses études de composition à l'Université Javeriana à Bogotá avec Guillermo Gaviria et Harold Vásquez, où il obtient son diplôme en 2003, puis reçoit une bourse de l’Université Internationale de Floride aux Etats-Unis où il fait des études de Master avec Orlando Jacinto García, et travaille comme professeur de théorie et composition. En arrivant à Paris, il intègre la classe de composition de Jean-Luc Hervé au Conservatoire de Nanterre. Diplômé du Conservatoire de Paris en 2010, il y poursuit ses études de composition dans la classe de Gérard Pesson, et y reçoit l’enseignement notamment de Claude Ledoux, Michaël Levinas, Tom Mays et Luis Naón.En 2006, il gagne le prix du programme des résidences artistiques du Ministère de la Culture de Colombie et le Fonca du Mexique. Il participe au cours de composition de Salvatore Sciarrino au centre Acanthes en 2008, où il rencontre également Philippe Hurel, Oscar Strasnoy et Unsuk Chin en 2011. En 2010, il est invité comme compositeur en résidence du Festival Musique sur ciel, dans la région du Tarn en France, festival qui lui commande Golpe en el diafragma. En 2011, il est invité comme artiste en résidence au Centre Intermondes à La Rochelle.
Récemment nommé pensionnaire à l’Académie de France à Rome (Villa Médicis), il a également été sélectionné à New York pour travailler en 2012 comme compositeur en résidence de l’International Contemporary Ensemble dans le programme ICELab.Juan Pablo Carreño a reçu le soutien du gouvernement colombien, des fondations Meyer, Tarrazzi, Legs Jabès, Legs Saint Paul, et de l’Université Javeriana et l’Université International de Floride.
L’un des fondateurs de l’ensemble Le Balcon et influencé par la richesse des musiques traditionnelles de son pays et par ses origines colombiennes, il développe depuis 2008 ce qu’il appelle une « musique disjonctive » en relation avec le dédoublement du phénomène sonore à partir de la sonorisation –dont la confrontation entre une musique et son double transformé dans une sorte d’auto-découverte-, et le rapport en parallèle entre cette expérience d’auto-découverte et d’autres musiques sur d’autres plans sonores, issues d’une sensibilité moderne qui pourrait rencontrer des préoccupations de divergences musicales extrêmement cloisonnées.